L'opposition orthodoxie/hétérodoxie et la politisation des controverses scientifiques qui peut en résulter n'est pas spécifique à l'économie politique, elle existe aussi dans les sciences dites dures, notamment dans le champ de la recherche sur le SIDA. L'objectif de cet article est de montrer, à partir de la comparaison de la recherche sur le SIDA et en économie, quels sont les mécanismes qui produisent et reproduisent cette domination d'un mainstream sur une dissidence, dont les fondements ne sont pas liés à la validité des thèses du mainstream, en utilisant la théorie de Bourdieu. Pour cela, l'histoire du SIDA et de la controverse sont retracées en détails. Il apparaît que la structuration durable entre mainstream et dissidence est d'autant plus probable et difficile à remettre en cause que la controverse implique des questions éthiques, économiques et politiques, et que la vérification empirique est complexe. La politisation pour l'hétérodoxie et l'implication « citoyenne » sont des armes à double-tranchant, particulièrement dans le cas du SIDA, mais probablement moins dans le cas de l'économie.